Études de piano et composition à l'université nationale de Córdoba (1958-1963) et à Buenos Aires avec Juan Carlos Paz (1960-1963), puis à l'université de l'Illinois avec Lejaren Hiller et Herbert Brün (1966), où il put avoir pour la première fois accès à des ordinateurs. En 1965 il co-fonde le Centre de Musique expérimentale (CME) de l'université nationale de Cordoba, où il travaille jusqu'en 1968. Depuis 1969 Vaggione vit en Europe. À Madrid, Espagne (1969-1973) il fit partie du groupe de musique électronique ALEA avec Luis de Pablo et travaille dans le projet Musique et ordinateur à l'université de Madrid. En 1978, il se rend en France où il réside encore de nos jours et commence à travailler au GMEB de Bourges, à l'INA-GRM et à l'IRCAM, Paris. En 1983 il soutient une thèse de Doctorat en musicologie à l'Université de Paris VIII sous la direction de Daniel Charles. En 1987-1988 il est en résidence à Berlin avec une bourse de la DAAD (Agence Académique de l'Allemagne Fédérale), travaillant dans le Studio Electronique de l'Université Technique de Berlin. Depuis 1989 il est professeur à l'université de Paris VIII, directeur de recherches à l'École Doctorale Esthétique, sciences et technologies des Arts; en 1996 il fonde dans cette université le Centre de Recherches Informatique et Création Musicale (CICM).
Prix de composition: Prix Newcomp (Cambridge, USA, 1983). Euphonie d'Or (Bourges, 1992). ICMA Award Commission (International Computer Music Association, USA, 1992). Prix Ton Bruynel (Amsterdam, 2010). Giga-Hertz Preis (ZKM, Karlsruhe, 2011), etc.
Écrits et articles de recherche: 54 articles, publiés dans des actes de colloques, livres (MIT Press, Harwoord Academic Publishers, Swett and Zeitlinger, L’Harmattan, Routledge) et journaux spécialisés (Computer Music Journal, Contemporary Music Review, Journal of New Music Research, Musica-Realtà, etc.)